CpGtools Documentation

• 1. Overview
  • 1.1. CpG position analysis modules
  • 1.2. CpG signal analysis modules
  • 1.3. Differential CpG analysis modules
• 2. Installation
  • 2.1. Prerequisites
  • 2.2. Python Dependencies
  • 2.3. Install CpGtools using pip3 from PyPI or github
  • 2.4. Install CpGtools from source code
  • 2.5. Upgrade CpGtools
• 3. CpGtools Release history
  • 3.1. Version 1.0.2
  • 3.2. Version 1.0.1
  • 3.3. Version 1.0.0

Data Format

• 1. Input file and data format
  • 1.1. BED file
  • 1.2. Proportion values
  • 1.3. Beta values
  • 1.4. M values
  • 1.5. Convert Beta value to M value or vice versa

Test and Demo Datasets

• 1. Pre-compiled datasets
  • 1.1. Test datasets
  • 1.2. Reference gene models
  • 1.3. Annotation datasets

Usage Information

• 1. CpG_aggregation.py
  • 1.1. Description
  • 1.2. Options
  • 1.3. Input files (examples)
  • 1.4. Command
  • 1.5. Output
• 2. CpG_anno_position.py
  • 2.1. Description
  • 2.2. Notes
  • 2.3. Pre-computed datasets
  • 2.4. Options
  • 2.5. Input files (examples)
  • 2.6. Command
  • 2.7. Output files
• 3. CpG_anno_probe.py
  • 3.1. Description
  • 3.2. Notes
  • 3.3. Options
  • 3.4. Input files (examples)
  • 3.5. Command
  • 3.6. Output files
• 4. CpG_distrb_chrom.py
  • 4.1. Description
  • 4.2. Options
  • 4.3. Input files (examples)
  • 4.4. Command
• 5. CpG_distrb_gene_centered.py
  • 5.1. Description
  • 5.2. Options
  • 5.3. Input files (examples)
  • 5.4. Command
  • 5.5. Output files
• 6. CpG_distrb_region.py
  • 6.1. Description
  • 6.2. Options
  • 6.3. Input files (examples)
  • 6.4. Command
  • 6.5. Output files
• 7. CpG_logo.py
  • 7.1. Description
  • 7.2. Options
  • 7.3. Input files (examples)
  • 7.4. Command
  • 7.5. Output files
• 8. CpG_to_gene.py
  • 8.1. Description
  • 8.2. Options
  • 8.3. Description
  • 8.4. Notes
  • 8.5. Input files (examples)
  • 8.6. Command
  • 8.7. Output files
• 9. beta_PCA.py
  • 9.1. Description
  • 9.2. Options
  • 9.3. Input files (examples)
  • 9.4. Command
  • 9.5. Output files
• 10. beta_jitter_plot.py
  • 10.1. Description
  • 10.2. Options
  • 10.3. Input files (examples)
  • 10.4. Command
  • 10.5. Output files
• 11. beta_m_conversion.py
  • 11.1. Description
  • 11.2. Options
  • 11.3. Input file (example)
  • 11.4. Command
  • 11.5. Output
• 12. beta_profile_gene_centered.py
  • 12.1. Description
  • 12.2. Options
  • 12.3. Command
  • 12.4. Output files
• 13. beta_profile_region.py
  • 13.1. Description
  • 13.2. Options
  • 13.3. Input files (examples)
  • 13.4. Command
  • 13.5. Output files
• 14. beta_stacked_barplot.py
  • 14.1. Description
  • 14.2. Options
  • 14.3. Input files (examples)
  • 14.4. Command
  • 14.5. Output files
• 15. beta_stats.py
  • 15.1. Description
  • 15.2. Options
  • 15.3. Input files (examples)
  • 15.4. Command
  • 15.5. Output files
• 16. beta_tSNE.py
  • 16.1. Description
  • 16.2. Options
  • 16.3. Input files (examples)
  • 16.4. Command
  • 16.5. Output files
• 17. beta_topN.py
  • 17.1. Description
  • 17.2. Options
  • 17.3. Input files (examples)
  • 17.4. Command
  • 17.5. Output file
• 18. beta_trichotmize.py
  • 18.1. Description
  • 18.2. Algorithm
  • 18.3. Options
  • 18.4. Input files (examples)
  • 18.5. Command
  • 18.6. Output files
• 19. dmc_Bayes.py
  • 19.1. Description
  • 19.2. Options
  • 19.3. Input files (examples)
  • 19.4. Command
  • 19.5. Output files
• 20. dmc_bb.py
  • 20.1. Description
  • 20.2. Options
  • 20.3. Input files
  • 20.4. Command
• 21. dmc_fisher.py
  • 21.1. Description
  • 21.2. Input file format
  • 21.3. Options
  • 21.4. Input files (examples)
  • 21.5. Commands
  • 21.6. Output
• 22. dmc_glm.py
  • 22.1. Description
  • 22.2. Options
  • 22.3. Input files (examples)
  • 22.4. Command
  • 22.5. Output files
• 23. dmc_logit.py
  • 23.1. Description
  • 23.2. Options
  • 23.3. Input files (examples)
  • 23.4. Command
• 24. dmc_nonparametric.py
  • 24.1. Description
  • 24.2. Options
  • 24.3. Input files (examples)
  • 24.4. Command
• 25. dmc_ttest.py
  • 25.1. Description
  • 25.2. Options
  • 25.3. Input files (examples)
  • 25.4. Command
  • 25.5. Output files

Compare Differential Analysis Tools

• 1. Compare Differential CpG Analysis Tools
• 2. P-value distributions

• LICENSE